Le conseil d'administration comprend :
1° Six représentants de l'Etat :
a) Le directeur général de l'offre de soins ou son représentant ;
b) Le directeur de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques au ministère de la santé ou son représentant ;
c) Le directeur de la sécurité sociale ou son représentant ;
d) Le directeur du budget ou son représentant ;
e) Un sous-directeur de la direction générale de l'offre de soins, désigné par le directeur général de l'offre de soins , ou son représentant ;
f) Un directeur général d'agence régionale de santé ou son représentant, désigné par le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales ;
2° Six personnalités nommées par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale pour une durée de trois ans renouvelable :
a) Trois personnalités qualifiées dans les domaines de compétence de l'agence ;
b) Trois représentants des organismes d'assurance maladie proposés respectivement par la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés, la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole et la Caisse nationale du régime social des indépendants, dont au moins un médecin-conseil d'une de ces caisses.
Un représentant du personnel de l'agence, élu selon des modalités fixées par le règlement intérieur de l'établissement, assiste au conseil avec voix consultative.
Le conseil d'administration est présidé par le directeur général de l'offre de soins ou son représentant.