La commission est composée du haut fonctionnaire à la défense auprès du ministre chargé de la santé, président, du directeur général de la santé ou de son représentant, du directeur général de l'offre de soins ou de son représentant, du directeur de la sécurité sociale ou de son représentant et de quatre représentants du service de santé des armées désignés par le ministre de la défense.