Le président du Haut Conseil des professions paramédicales préside la commission scientifique. Il désigne un vice-président parmi les membres de la commission scientifique. Le vice-président supplée le président en cas d'absence.
Les membres de la commission scientifique sont nommés par arrêté du ministre chargé de la santé pour une durée de trois ans renouvelable. Pour chacun des membres titulaires mentionnés aux 1°, 2°, 3°, 4° et 5° de l'article D. 4381-6-1 sont désignés, dans les mêmes conditions, deux suppléants. En l'absence du titulaire, un seul suppléant siège aux séances.
Les fonctions exercées par les membres de la commission scientifique du Haut Conseil des professions paramédicales sont incompatibles avec les fonctions exercées au sein des instances de l'organisme gestionnaire du développement professionnel continu ou avec celles de salarié ou d'administrateur d'un organisme de développement professionnel continu.