Le régime de protection des zones protégées est régi par les dispositions des articles 413-7, 413-8 et des articles R. 413-1R. 413-1 à R. 413-5R. 413-5 du code pénal.
Les autorités compétentes pour définir, au nom du ministre de la défense, le besoin de protection des installations sont : 1° Le chef d'état-major des armées pour les départements d'outre-mer, la Polynésie française, les îles Wallis-et-Futuna, les Terres australes et antarctiques françaises, la Nouvelle-Calédonie, Mayotte, Saint-Barthélemy, Saint-Martin, et les organismes interarmées ; 2° Le délégué général pour l'armement, le secrétaire général pour l'administration, les chefs d'état-major, le directeur général de la sécurité extérieure, le directeur général de la gendarmerie nationale, le directeur de la protection et de la sécurité de la défense et les directeurs centraux de service qui ne relèvent pas d'un chef d'état-major d'armée pour les installations relevant de leur responsabilité.
Les officiers généraux commandants supérieurs des forces armées dans les départements d'outre-mer, en Polynésie française, dans les îles Wallis-et-Futuna, dans les Terres australes et antarctiques françaises, en Nouvelle-Calédonie, à Mayotte, à Saint-Barthélemy, à Saint-Martin, l'officier général commandant de la défense aérienne et des opérations aériennes et les commandants organiques à compétence territoriale, dont la liste est fixée par le ministre de la défense, reçoivent délégation de pouvoirs pour déterminer par arrêté, à l'intérieur des établissements et services relevant de leur commandement, l'implantation et les limites des zones protégées prévues au premier alinéa de l'article R. 413-3 du code pénal. Ils établissent en application de l'article R. 413-5, premier alinéa du même code, les directives fixant les conditions dans lesquelles sont délivrées les autorisations de pénétrer dans ces zones. Ces autorités sont habilitées à déléguer leur signature.
Le chef d'état-major des armées, le délégué général pour l'armement, le secrétaire général pour l'administration, le directeur général de la sécurité extérieure, le directeur de la protection et de la sécurité de la défense, le directeur central du service de santé des armées et le directeur central du service des essences des armées peuvent, au nom du ministre de la défense, par délégation de signature, procéder aux actes prévus à l'article D. 2362-3 pour les organismes et établissements relevant de leur autorité.
Les zones de défense hautement sensibles, mentionnées au I de l'article L. 4123-12, sont créées par un arrêté du ministre de la défense qui définit les limites terrestres, aériennes et nautiques de la zone et désigne l'autorité responsable de la sécurité de chacune d'entre elles. Un plan de protection de chaque zone hautement sensible, élaboré par l'autorité responsable de sa sécurité, est adopté par décision du ministre de la défense.
Nul ne peut pénétrer dans une zone de défense hautement sensible sans une autorisation expresse qui précise les conditions de circulation sur celle-ci. Cette autorisation est délivrée par l'autorité responsable de la sécurité de la zone hautement sensible considérée. L'autorisation est temporaire ou permanente. Elle peut être retirée à tout moment par l'autorité responsable de la sécurité de la zone.
Les limites terrestres et nautiques des zones de défense hautement sensibles sont matérialisées par des ouvrages, par des installations ou par tout moyen approprié, destinés à en empêcher le libre accès ou à en prévenir la pénétration par inadvertance. Une signalisation particulière, destinée à l'information des tiers, est apposée sur ces ouvrages et installations.
Les limites aériennes à l'intérieur desquelles toute pénétration d'un aéronef non autorisé est interdite sont fixées dans les conditions prévues par le code de l'aviation civile. Un arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé de l'aviation civile précise les modalités de la signalisation destinée aux aéronefs.
Dans le cas d'une intrusion ou d'une tentative d'intrusion d'un ou de plusieurs individus au sein d'une zone de défense hautement sensible, hormis les cas de légitime défense, le militaire chargé de la protection doit, pour faire cesser cette action, avant de faire usage de son arme, procéder aux sommations suivantes :
1° Il annonce son intention d'empêcher ou d'interrompre l'intrusion en énonçant à voix haute : "Halte" ;
2° Il procède à une deuxième sommation, si le ou les individus n'obtempèrent pas, en énonçant à voix haute : "Halte ou je fais feu" ;
3° Il procède à une troisième et dernière sommation, si le ou les individus n'obtempèrent pas à la deuxième sommation, en énonçant à voix haute : "Dernière sommation : halte ou je fais feu".
Lorsque le militaire intervient avec un chien, la deuxième et la troisième sommation sont remplacées par la suivante : "Halte, attention au chien".
Dans tous les cas, il ne doit être fait usage que de la force armée absolument nécessaire.
A l'intérieur du plan d'eau d'une zone de défense hautement sensible, le militaire, avant de faire usage d'une arme, de projectiles, de dispositifs ou de procédés atmosphériques ou sous-marins dangereux pour l'intégrité physique de la personne, procède aux sommations mentionnées à l'article précédent dans les conditions suivantes : 1° Lorsque l'intrusion ou la tentative d'intrusion est commise par un ou plusieurs individus faisant usage d'une embarcation ou nageant en surface, les sommations sont accompagnées de la mise en œuvre de moyens optiques et sont énoncées à voix haute à l'aide d'un dispositif permettant d'augmenter la portée de celle-ci. Les sommations sont poursuivies par des artifices sonores ou visuels sous-marins en cas d'immersion. 2° Lorsque l'intrusion ou la tentative d'intrusion est commise par un ou plusieurs individus immergés, les sommations sont effectuées par des artifices sonores ou visuels sous-marins. Les sommations sont poursuivies à la voix si un ou plusieurs individus font surface. Les conditions d'application du présent article sont fixées par arrêté du ministre de la défense.
Lorsque la mise en œuvre des mesures prévues à l'article L. 131-3 du code de l'aviation civile ne suffit pas à faire cesser le survol irrégulier d'une zone de défense hautement sensible et que l'aéronef est utilisé ou sur le point d'être utilisé pour une agression armée contre cette zone, il est procédé à un tir de semonce.
Si ce tir n'est pas suivi d'effet, il peut être recouru à la force armée.
Il en est de même en cas de survol au moyen d'un parachute.