En application de l'article L. 1111-7 du code général des collectivités territoriales, le préfet de région assure le respect par la région des sujétions imposées par la défense nationale, notamment en matière d'aménagement du territoire, d'urbanisme, de construction, d'équipements productifs, d'investissements collectifs et de fonctionnement des services collectifs.

Le préfet de région, qui dispose en tant que de besoin de services de la région, reçoit, sur sa demande, du président du conseil régional toutes informations qu'il estime nécessaires à l'exercice de ses attributions de défense. Il est seul habilité à conclure au nom de l'Etat les conventions nécessaires à la mise en oeuvre des obligations non militaires de défense imposées à la région, à l'un de ses établissements publics ou aux groupements de régions.

Sous l'autorité du préfet de zone, le préfet de région contribue à la préparation et à la mise en oeuvre des mesures intéressant la défense économique dans la région. A ce titre, il dispose d'une commission régionale de défense économique dont la composition et les missions sont définies par arrêté interministériel.

Le trésorier-payeur général de région est le conseiller permanent du préfet de région pour les questions économiques intéressant la défense et la sécurité nationale. En matière de sécurité économique, il exerce ces fonctions conjointement avec le directeur régional des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi.

Le préfet de région ou, en son absence, le trésorier-payeur général de région préside la commission régionale de défense économique.

Le service interministériel régional des affaires civiles et économiques de défense et de la protection civile placé auprès du préfet de région ou de Corse lui permet d'animer, de coordonner et de contrôler l'action des services déconcentrés des administrations civiles dans la région en ce domaine. Les administrations civiles apportent leur concours au préfet de région ou de Corse en désignant des fonctionnaires dans les conditions fixées par arrêtés interministériels.