Le personnel du SHOM comprend :1° Des fonctionnaires ;2° Des militaires ;3° Des agents non titulaires de droit public ;4° Des ouvriers des établissements industriels de l'Etat.
Les militaires du SHOM appelés à embarquer pour l'exercice de leur mission bénéficient du même régime indemnitaire que le personnel militaire de la marine nationale.