L'établissement est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur.
Le conseil d'administration de l'établissement comprend quinze membres :1° Le président ;2° Le délégué à l'information et à la communication de la défense ;3° Un représentant du chef d'état-major des armées ;4° Un représentant du délégué général pour l'armement ;5° Un représentant du secrétaire général pour l'administration ;6° Un représentant du chef d'état-major de l'armée de terre ;7° Un représentant du chef d'état-major de la marine ;8° Un représentant du chef d'état-major de l'armée de l'air ;9° Un représentant du directeur général de la gendarmerie nationale ;10° Un représentant du directeur du budget ;11° Un représentant du Centre national de la cinématographie ;12° Quatre personnalités qualifiées désignées par le ministre de la défense dont une sur proposition du ministre chargé de l'éducation nationale, une sur proposition du ministre des affaires étrangères et une sur proposition du ministre chargé de la culture.Les membres du conseil d'administration ne peuvent se faire suppléer.
Le président du conseil d'administration est nommé par décret du Président de la République sur proposition du ministre de la défense.Les autres membres du conseil d'administration sont nommés par arrêté du ministre de la défense.La durée du mandat des membres du conseil d'administration est fixée à trois ans. Les membres démissionnaires ou décédés sont immédiatement remplacés pour la durée du mandat restant à courir. Le mandat des membres sortants peut être renouvelé.Les fonctions de membre du conseil d'administration ne comportent aucune indemnité.Le directeur de l'établissement, le contrôleur financier et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative.Le contrôle général des armées est informé des réunions du conseil d'administration. Un de ses membres peut assister à ses réunions.Le président du conseil d'administration peut inviter à assister à tout ou partie des séances du conseil d'administration toute personne dont la présence lui paraît utile.
Le conseil d'administration détermine les orientations générales de l'établissement en application des directives de l'autorité de tutelle. A cette fin :1° Il agrée puis soumet à l'autorité de tutelle les projets de programmes généraux de travaux de l'établissement ;2° Il arrête le budget et le compte financier de l'établissement ;3° Il délibère sur les projets d'aliénations, les acquisitions et échanges d'immeubles ;4° Il détermine la politique de recrutement du personnel contractuel propre à l'établissement ;5° Il autorise les actions en justice et les transactions ;6° Il approuve le règlement intérieur de l'établissement ;7° D'une façon générale, il donne son avis sur toute question qui lui est soumise par son président. Il adresse chaque année à l'autorité de tutelle un rapport sur l'activité et le fonctionnement de l'établissement.
Le conseil d'administration se réunit, sur convocation de son président, au moins deux fois par an. Il peut également se réunir à la demande de l'autorité de tutelle ou à celle des deux tiers de ses membres.Le président fixe l'ordre du jour des séances. Toute autre question est inscrite à l'ordre du jour sur demande du ministre de tutelle ou sur demande du tiers des membres du conseil d'administration.Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer qu'en présence de son président et que si le nombre des présents est supérieur à la moitié du nombre de ses membres. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, le président convoque de nouveau le conseil dans un délai de quinze jours : les délibérations sont alors valables quel que soit le nombre des présents.Les décisions sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante. Les délibérations du conseil d'administration sont notifiées par son président à l'autorité de tutelle. Elles deviennent exécutoires trente jours après l'avis de réception du procès-verbal par le ministre de la défense à moins que celui-ci n'y fasse opposition.
Le directeur de l'établissement est nommé par arrêté du ministre de la défense. Il dirige l'établissement dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration et rend compte chaque année de sa gestion au conseil d'administration.A ce titre, il exerce notamment les compétences suivantes : 1° Il arrête l'organisation et les règles de fonctionnement de l'établissement ; 2° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en exécute les décisions ; 3° Il représente l'établissement en justice et dans les actes de la vie civile ; 4° Il prépare et exécute le budget ; 5° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ; 6° Il conclut les marchés, contrats et conventions. Il en rend compte au conseil d'administration ; 7° Il exerce le pouvoir hiérarchique sur les personnes affectées à l'établissement, à l'exception de l'agent comptable, ainsi qu'à l'égard des agents sous contrat mentionnés à l'article R. 3415-10. 8° Il pourvoit aux emplois et fonctions de l'établissement ; 9° Il a autorité sur l'ensemble des personnes qui suivent des cycles de formation. Le directeur peut déléguer sa signature. Toutefois, pour l'exercice de ses attributions mentionnées au 5° du présent article, le ou les délégataires doivent avoir été préalablement agréés par le conseil d'administration.