Les fonds de l'établissement sont déposés au Trésor public.L'établissement peut néanmoins, sur autorisation du ministre chargé du budget, déposer des fonds sur un compte ouvert dans un établissement de crédit ayant obtenu un agrément régi par les dispositions applicables dans les Etats membres de la Communauté européenne ou les autres Etats parties à l'accord sur l'Espace économique européen, pour un usage strictement lié à un transit technique.