La gestion financière et comptable de l'agence est organisée suivant les modalités fixées par le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique et les dispositions des articles L. 301-3, L. 301-5-1, L. 301-5-2, L. 312-2-1 et L. 321-1-1.

Lorsque les aides de l'agence sont payées par un établissement public de coopération intercommunale ou un département dans le cadre d'une convention de délégation de compétence prévue à l'article L. 321-1-1, les pièces justificatives des paiements effectués sont conservées par le comptable de l'établissement public de coopération intercommunale ou du département qui produit une attestation certifiant que les paiements effectués par lui sont accompagnés des pièces justificatives correspondantes et qu'il est en possession de toutes les pièces afférentes aux opérations prévues par la convention de délégation. Cette attestation est communiquée à l'agence.

Lorsque l'agence est autorisée, par une convention conclue avec une collectivité territoriale ou un établissement public de coopération intercommunale en application de l'article L. 321-1-1 ou de l'article L. 312-2-1L. 312-2-1, à exécuter les dépenses résultant des décisions d'attribution d'aides apportées sur son budget propre par le mandant et à recouvrer les produits des reversements, elle peut bénéficier du versement d'une avance d'un montant équivalent, au maximum, aux dépenses prévues. Ce montant est fixé par la collectivité territoriale ou l'établissement public de coopération intercommunale mandant dans la limite d'un plafond inscrit dans la convention.

Le paiement des avances ultérieures ou le remboursement de débours de l'agence s'effectue selon un échéancier prévu à la convention, au vu d'un décompte détaillé des opérations, d'un certificat de l'ordonnateur de l'agence attestant de la réalisation des opérations et d'une attestation du comptable de l'agence certifiant que les paiements effectués par lui sont appuyés des pièces justificatives correspondantes.

La convention conclue entre l'agence et la collectivité territoriale ou l'établissement public de coopération intercommunale prévoit la périodicité, au moins annuelle, et les modalités de reddition des comptes dans des délais permettant au comptable de la collectivité territoriale ou de l'établissement public de coopération intercommunale de produire son compte de gestion.

L'agence est soumise au contrôle de l'inspection générale du ministère chargé du logement.