Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement.
Il choisit le siège de l'établissement, approuve l'état prévisionnel des recettes et des dépenses, autorise les emprunts et la conclusion des conventions passées avec les collectivités locales et les établissements publics en application du troisième alinéa de l'article L. 325-1. Il arrête les comptes. Il approuve les orientations à moyen terme et le programme annuel d'intervention de l'établissement, qui fixe la liste des sites bénéficiant des opérations d'aménagement et de restructuration dont l'établissement assure ou délègue la maîtrise d'ouvrage. Il décide de la prise, de l'extension ou de la cession de participations financières. Les délibérations concernant les prises, les extensions et cessions de participations financières sont exécutoires de plein droit un mois après leur réception par les ministres de tutelle, à moins que l'une de ces autorités y fasse opposition pendant ce délai.
Il peut déléguer certains de ses pouvoirs au directeur général, à l'exception de ceux définis à l'alinéa précédent.
Un règlement intérieur du conseil d'administration est établi par le directeur général et adopté par le conseil d'administration.