La gestion de l'Etablissement public du Marais poitevin est assurée avec le concours technique et administratif d'autres établissements publics de l'Etat.

L'établissement est soumis au régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'environnement.

Les ressources de l'établissement comprennent notamment :

1° Des redevances pour service rendu et toute ressource qu'il tire de son activité ;

2° Le produit des emprunts ;

3° Les dons et legs ;

4° Les subventions et participations de l'Etat, des collectivités territoriales et de leurs groupements ainsi que d'autres personnes publiques et privées aux dépenses de fonctionnement, y compris de personnel, et aux investissements de l'établissement ;

5° Les produits financiers et, de manière générale, toute autre recette prévue par les lois et règlements en vigueur.

Il peut être institué auprès de l'établissement des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans des conditions fixées par le ministre chargé des finances.

L'établissement est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'environnement.