L'établissement est soumis au régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.
L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'environnement.