Afin de bénéficier de l'affectation de quotas délivrés à titre gratuit mentionnée au II de l'article L. 229-12, un exploitant d'aéronef soumet une demande à cet effet auprès de l'autorité compétente en même temps qu'il lui soumet la déclaration des données relatives à son activité en termes de tonnes-kilomètres, effectuée pendant l'année de surveillance. Ces données sont vérifiées conformément aux dispositions de l'article L. 229-6. Toute demande est introduite au moins vingt et un mois avant le début de la période à laquelle elle se rapporte.
L'autorité compétente soumet à la Commission européenne les demandes reçues au titre de l'article R. 229-37-3 dix-huit mois au moins avant la période à laquelle les demandes se rapportent. Dans les trois mois suivant l'adoption par la Commission européenne du référentiel à utiliser pour allouer à titre gratuit des quotas aux exploitants d'aéronef conformément au e du 3 de l'article 3 sexies de la directive 2003/87/ CE du 13 octobre 2003, l'autorité compétente arrête et publie pour chaque période :
― la quantité de quotas affectés à chaque exploitant d'aéronef, calculée en multipliant le total des données d'activités en termes de tonnes-kilomètres consignées dans sa demande par le référentiel établi par la Commission européenne ; et
― les quotas à délivrer à chaque exploitant d'aéronef chaque année, cette quantité étant déterminée en divisant le total des quotas pour la période par le nombre d'années de la période.
Le teneur du registre mentionné à l'article L. 229-16 délivre, au plus tard le 28 février de chaque année, par inscription au compte des exploitants, la quantité de quotas qui leur sont affectés à titre gratuit pour l'année en question.