Le projet de désignation d'un site Natura 2000 est établi :

- par le ou les préfets de département lorsque le site s'étend exclusivement sur des espaces terrestres ;

- par le préfet maritime lorsque le site s'étend exclusivement sur des espaces marins situés au-delà de la laisse de basse mer ;

- conjointement par le ou les préfets de département et le préfet maritime lorsque le site s'étend à la fois sur des espaces terrestres et des espaces marins ou lorsque le site s'étend exclusivement sur des espaces marins qui incluent l'estran.

II.-Lorsque le site inclut tout ou partie d'un terrain militaire, le ou les préfets compétents pour établir le projet de désignation d'un site Natura 2000 recueillent l'accord du commandant de la région terre sur ce projet.

Lorsque le site comprend des espaces marins, ils recueillent l'accord du commandant de zone maritime sur la délimitation de ces espaces.

III.-Le ou les préfets compétents pour établir le projet de désignation d'un site Natura 2000 soumettent pour avis le projet de périmètre du site aux communes et aux établissements publics de coopération intercommunale concernés qui émettent leur avis motivé dans le délai de deux mois à compter de leur saisine. A défaut de s'être prononcés dans ce délai, ils sont réputés avoir émis un avis favorable.

IV.-Le ou les préfets compétents pour établir le projet de désignation d'un site Natura 2000 transmettent au ministre chargé de l'environnement ce projet, assorti des avis qu'ils ont le cas échéant recueillis. S'ils s'écartent des avis motivés mentionnés au III, ils en indiquent les raisons dans le projet qu'ils transmettent.

Saisi d'un projet de désignation d'une zone spéciale de conservation, le ministre chargé de l'environnement peut proposer la zone pour la constitution du réseau écologique européen Natura 2000. Cette proposition est notifiée à la Commission européenne.

La notification de proposition de site à la Commission européenne est portée à la connaissance des maires des communes consultées en application du III de l'article R. 414-3 par le ou les préfets ayant procédé à cette consultation.

Lorsque la zone proposée est inscrite par la Commission européenne sur la liste des sites d'importance communautaire, le ministre chargé de l'environnement prend un arrêté la désignant comme site Natura 2000.

Saisi d'un projet de désignation d'une zone de protection spéciale, le ministre chargé de l'environnement prend un arrêté désignant la zone comme site Natura 2000. Sa décision est notifiée à la Commission européenne.

Lorsque le site inclut tout ou partie d'un terrain militaire ou des espaces marins, le ministre chargé de l'environnement et le ministre de la défense décident conjointement de proposer le site à la Commission européenne dans les conditions prévues à l'article R. 414-4 et de désigner le site comme site Natura 2000.

L'arrêté portant désignation d'un site Natura 2000 est publié au Journal officiel de la République française.

Sont transmis aux maires des communes consultées en application du III de l'article R. 414-3, par le ou les préfets ayant procédé à cette consultation, l'arrêté de désignation du site Natura et ses annexes comportant notamment la carte du site, sa dénomination, sa délimitation, ainsi que l'identification des habitats naturels et des espèces qui justifient la désignation du site. Ces documents sont tenus à la disposition du public dans les services du ministère chargé de l'environnement, à la préfecture et dans les mairies des communes situées dans le périmètre du site.