L'agence est administrée par un conseil d'administration de vingt-six membres comprenant :

1° Un représentant du Sénat et un représentant de l'Assemblée nationale désignés par chacune de ces assemblées ;

2° Dix représentants de l'Etat nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle, soit :

a) Deux sur proposition du ministre chargé de l'environnement ;

b) Un sur proposition du ministre chargé de l'énergie ;

c) Un sur proposition du ministre chargé de la recherche ;

d) Un sur proposition du ministre chargé de l'industrie ;

e) Un sur proposition du ministre chargé du logement ;

f) Un sur proposition du ministre chargé de l'agriculture ;

g) Un sur proposition du ministre chargé du budget ;

h) Un sur proposition du ministre chargé de l'intérieur ;

i) Le délégué interministériel au développement durable ;

3° Trois représentants des collectivités territoriales nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle, après avis du ministre chargé des collectivités territoriales ;

4° Cinq personnalités qualifiées ou représentants d'associations de protection de l'environnement agréées au titre de l'article L. 141-1 ou représentants de groupements professionnels intéressés, dont trois au titre de l'environnement et deux au titre de l'énergie nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle ;

5° Six représentants des salariés élus conformément aux dispositions du décret n° 83-1160 du 26 décembre 1983 portant application de la loi n° 83-675 modifiée relative à la démocratisation du secteur public.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration est de cinq ans. Ce mandat est renouvelable une fois. Le mandat des membres désignés en raison des fonctions qu'ils exercent prend fin à l'expiration de celles-ci. En cas de vacance par suite de démission ou pour toute autre cause, il est pourvu à la désignation du ou des nouveaux membres dans le délai de trois mois. Tout membre désigné pour remplacer un membre du conseil exerce son mandat jusqu'à l'expiration du mandat de son prédécesseur.

I. - Sur proposition du conseil d'administration, son président est nommé parmi ses membres par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle.

II. - Le président du conseil d'administration assure l'exécution des délibérations du conseil d'administration.

III. - Dans le cadre des règles définies par le conseil d'administration, il a qualité pour :

1° Représenter l'agence dans tous les actes de la vie civile, dans ses rapports avec les tiers et dans les relations internationales ;

2° Passer au nom de l'agence tous actes, contrats ou marchés ;

3° Procéder à toutes acquisitions, tout dépôt ou cession de brevets ou de licences ;

4° Représenter l'agence en justice et conclure toutes transactions ;

5° Déterminer l'emploi des fonds disponibles et le placement des réserves, procéder à toutes acquisitions, aliénations et transferts de valeurs ;

6° Procéder à tous achats, ventes ou locations d'immeubles, contracter tous emprunts, constituer nantissement ou hypothèque ;

Il informe le commissaire du Gouvernement et le membre du corps du contrôle général économique et financier des actes pris dans le cadre du 5°.

IV. - Le président du conseil d'administration a autorité sur les services de l'agence et en dirige l'action. À ce titre :

1° Il met en oeuvre les programmes opérationnels confiés à l'agence ;

2° Il prend les décisions relatives à l'organisation et au fonctionnement des services ;

3° Il nomme et révoque le personnel de l'agence et a autorité sur lui ;

4° Il est ordonnateur principal des recettes et des dépenses.

V. - Le président du conseil d'administration peut, dans des conditions définies par le conseil d'administration, déléguer une partie de ses pouvoirs à un ou plusieurs directeurs généraux délégués nommés par lui. Il peut déléguer sa signature.

Les membres du conseil d'administration bénéficient du remboursement, dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat, des frais de déplacement ou de séjour effectivement supportés par eux dans l'exercice de leurs fonctions.

Le conseil d'administration se réunit au moins quatre fois par an sur convocation de son président et examine toute question inscrite à l'ordre du jour par le président ou par le conseil statuant à la majorité simple. En outre, le président réunit le conseil sur la demande du commissaire du Gouvernement. Le conseil d'administration peut également être convoqué sur la demande du tiers de ses membres dans les conditions prévues au deuxième alinéa de l'article 8 de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.

Le conseil ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés par un autre membre du conseil d'administration, un membre du conseil ne pouvant représenter qu'un seul autre membre et sous réserve que celui-ci appartienne à la même catégorie, mentionnée par les 1° à 5° de l'article R. 131-4. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de vingt jours : il délibère alors sans condition de quorum.

Les délibérations du conseil sont prises à la majorité des membres présents ou représentés ; en cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le commissaire du Gouvernement assiste au conseil d'administration avec voix consultative. En cas d'empêchement, il peut se faire représenter par un fonctionnaire placé sous son autorité.

Le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent en personne au conseil d'administration avec voix consultative. Le président peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.

I.-Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence. Ses délibérations portent notamment sur les objets suivants :

1° L'organisation générale de l'agence ;

2° Le contrat d'objectifs pluriannuel et la convention mentionnée au V de l'article R. 131-3 ;

3° Le programme d'activité de l'agence ;

4° L'état annuel des prévisions de recettes et de dépenses et les décisions modificatives ;

5° Le rapport annuel d'activité ;

6° Le compte financier et les bilans annuels ;

7° La détermination et l'affectation des résultats ;

8° Les prises, extensions ou cessions de participations financières ;

9° L'approbation des projets de construction, d'achat ou de vente d'immeubles, de constitution d'hypothèques ou de droits réels ;

10° Le régime des contrats et conventions passés par l'agence ;

11° Les conditions générales d'attribution de subventions ou d'avances remboursables aux personnes publiques ou privées ;

12° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;

13° Les emprunts ;

14° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel ;

15° Les actions en justice et les transactions ;

16° Toutes questions se rapportant à l'objet de l'agence qui lui sont soumises par l'un des ministres de tutelle.

II.-Le conseil d'administration fixe également :

1° Les montants au-dessus desquels les décisions d'octroi de subventions, contrats, conventions ou marchés, autres que ceux visés aux 9° et 13° du I, ne peuvent être passés qu'avec son autorisation ;

2° Les modalités et critères d'attribution des concours financiers de l'agence pour chaque type d'opération. Le conseil fixe en outre les modalités et seuils de saisine des commissions nationales des aides mentionnées à l'article R. 131-15 et des commissions régionales des aides mentionnées à l'article R. 131-18.

Les délibérations du conseil d'administration sont transmises par son président au commissaire du Gouvernement, au membre du corps du contrôle général économique et financier et aux ministres de tutelle. Elles sont exécutoires de plein droit si le commissaire du Gouvernement ou le membre du corps du contrôle général économique et financier n'y ont pas fait opposition dans les quatorze jours qui suivent la réception des délibérations.

S'il forme opposition, le commissaire du Gouvernement ou le membre du corps du contrôle général économique et financier en réfère immédiatement, suivant le cas, aux ministères de tutelle ou au ministre chargé du budget, qui doivent se prononcer dans un délai d'un mois.A défaut de décision notifiée dans ce délai, la délibération est exécutoire.

Toutefois, lorsqu'elles portent sur l'organisation générale de l'agence ainsi que sur son programme d'activité et sur les conditions générales d'attribution des subventions, les délibérations ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par les ministres de tutelle.A défaut d'opposition de l'un des ministres de tutelle dans le délai d'un mois à compter de leur réception, ces délibérations sont réputées approuvées.

Le commissaire du Gouvernement auprès de l'agence est le secrétaire général du ministère chargé de l'environnement ou son représentant.

Il peut à tout moment se faire communiquer tous documents, pièces ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications. Il fait connaître l'avis du Gouvernement sur les problèmes évoqués.

Il peut assister ou se faire représenter par un fonctionnaire placé sous son autorité aux séances du conseil scientifique, de la commission des marchés et des commissions nationales des aides.

Le directeur scientifique est nommé par le président du conseil d'administration. Il veille à la définition et à la coordination des actions de l'agence en matière scientifique. Il assiste aux réunions du conseil scientifique et en assure le secrétariat.

Il présente au conseil d'administration le rapport sur l'état des connaissances scientifiques et techniques mentionné à l'article R. 131-13.

Le conseil scientifique est composé de quinze membres au plus, nommés pour cinq ans par arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche, de l'environnement et de l'énergie.

Son président est nommé en son sein par arrêté conjoint de ces ministres.

Le président du conseil d'administration peut assister aux séances du conseil scientifique.

Le conseil scientifique est consulté sur les programmes d'études et de recherches entrepris par l'agence ou dans lesquels celle-ci intervient. Il formule toutes propositions concernant le développement de la recherche.

Ses avis sont communiqués au conseil d'administration et aux ministres chargés de l'énergie, de l'environnement et de la recherche.

Chaque année, un rapport, préparé par le directeur scientifique, sur l'état des connaissances scientifiques et techniques lui est soumis en même temps que le rapport d'activité prévu au 4° du I de l'article R. 131-9.

Une commission des marchés est chargée de formuler un avis préalablement à la passation par l'agence de contrats et marchés de toute nature, dès lors qu'ils sont destinés à l'acquisition de biens, produits ou services, et que leur montant dépasse un seuil fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, du budget, de l'environnement, de l'énergie et de la recherche. Un arrêté conjoint des mêmes ministres fixe la composition et les modalités de fonctionnement de cette commission.

I.-Dans les domaines d'activité définis à l'article R. 131-2, le conseil d'administration institue des commissions nationales des aides dont il fixe les compétences respectives. Dans le domaine d'activité qui lui est assigné, chaque commission :

1° Est saisie pour avis des orientations stratégiques de l'agence et des programmes d'action pluriannuels destinés à les mettre en oeuvre ; elle est tenue informée au moins une fois par an de leur état d'avancement et des résultats de leurs évaluations ;

2° Est saisie pour avis des modalités et critères d'attribution des concours financiers de l'agence pour chaque type d'opération, ainsi que des dépenses prévisionnelles correspondantes ;

3° Délibère préalablement aux décisions d'attribution de concours financiers, lorsque ceux-ci dépassent un seuil déterminé pour chaque type d'opération par le conseil d'administration en application du 2° du II de l'article R. 131-9.

II.-Le conseil d'administration arrête la composition des commissions nationales des aides et précise leurs modalités de fonctionnement, notamment en ce qui concerne la périodicité des séances et les conditions de quorum.

Chacune d'elles a pour président le président du conseil d'administration ou un membre du personnel de l'agence désigné par lui. Elle comprend un représentant de chacun des ministres de tutelle ainsi que du ministre chargé du budget et des ministres concernés par son domaine d'activité.

Elle comprend en outre entre huit et douze personnalités désignées par le conseil d'administration pour une durée de cinq ans soit en fonction de leur compétence, soit en tant que représentants des collectivités territoriales, des activités professionnelles concernées ou des associations agréées de protection de l'environnement, de défense des consommateurs ou de surveillance de la qualité de l'air. Chaque personnalité peut se faire remplacer par un membre suppléant, désigné dans les mêmes conditions que le titulaire.

Le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent à titre consultatif aux séances des commissions nationales des aides, ainsi que toute personne invitée par leur président.

Les avis des commissions nationales sont rendus à la majorité des membres présents, le président de séance ayant voix prépondérante en cas de partage égal des voix.

Les décisions d'attribution des concours financiers sont prises par le président de l'agence sous réserve des cas où leur montant excède le seuil fixé au 1° du II de l'article R. 131-9. Dans l'hypothèse où cette décision est contraire à l'avis rendu par la Commission nationale des aides et sous réserve des cas où le conseil d'administration autorise lui-même l'attribution, le président de l'agence est tenu d'en informer le conseil d'administration à l'occasion de sa prochaine séance.