Une commission des marchés est chargée de formuler un avis préalablement à la passation par l'agence de contrats et marchés de toute nature, dès lors qu'ils sont destinés à l'acquisition de biens, produits ou services, et que leur montant dépasse un seuil fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, du budget, de l'environnement, de l'énergie et de la recherche. Un arrêté conjoint des mêmes ministres fixe la composition et les modalités de fonctionnement de cette commission.