Les fonctions de membre du Conseil national de la chasse et de la faune sauvage sont gratuites, de même que la participation aux séances des personnes invitées par le président en application du deuxième alinéa de l'article R. 421-5. Il peut toutefois être alloué des indemnités correspondant aux frais de déplacement et de séjour effectivement supportés à l'occasion des réunions, en application du décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.
Les membres suppléants ne peuvent prétendre à ces indemnités que s'ils remplacent un membre titulaire empêché ou absent.