La couverture des coûts exposés par la Caisse des dépôts et consignations pour la mise en place et la tenue du registre national est, sans qu'il puisse en résulter pour elle des bénéfices, assurée par des frais de tenue de compte à la charge des détenteurs des comptes.

Ces frais comprennent exclusivement la part des coûts relatifs aux études préalables et aux développements informatiques nécessités par la mise au point permanente du logiciel de tenue du registre imputable à cette mission ainsi que les coûts directement liés à l'exploitation administrative et à la maintenance du registre.

Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie, des finances et de l'industrie et du ministre chargé de l'environnement fixe chaque année, après avis du directeur général de la Caisse des dépôts et consignations, le montant des frais de tenue de compte applicables, pour l'année en cours, pour chaque catégorie de détenteurs de comptes.