L'agence est soumise au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.
Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'environnement.