Le conseil d'administration ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés, la représentation ne pouvant être assurée que par un membre du conseil appartenant à la même catégorie que le membre représenté. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.
Les membres du conseil ne peuvent participer à une délibération portant sur une affaire à laquelle ils sont intéressés soit en leur nom personnel, soit comme mandataire.
Les délibérations du conseil d'administration sont adressées aux ministres chargés de l'environnement et du budget dans le mois qui suit la date de la séance. Elles sont également adressées, pour information, au préfet coordonnateur de bassin et aux préfets de région intéressés.
Les séances du conseil d'administration ne sont pas publiques.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.