L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier des établissements publics de l'Etat.

Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'environnement.

L'autorité chargée du contrôle financier a droit d'entrée avec voix consultative à tout comité, commission ou organe consultatif existant en son sein.