L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est soumis au régime financier et comptable défini par le décret du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.