Le commissaire du Gouvernement placé auprès de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de l'environnement. Il peut à tout moment se faire communiquer tous documents, pièces ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications. Il fait connaître l'avis du Gouvernement sur les problèmes évoqués.
En cas d'empêchement, il peut se faire représenter aux séances du conseil d'administration par un fonctionnaire placé sous son autorité.