Le maître d'ouvrage prend en charge les frais de l'enquête, notamment l'indemnisation des commissaires enquêteurs et des membres des commissions d'enquête, ainsi que les frais qui sont entraînés par la mise à la disposition du commissaire enquêteur ou de la commission d'enquête des moyens matériels nécessaires à l'organisation et au déroulement de la procédure d'enquête.

Saisi d'une demande en ce sens par le commissaire enquêteur ou le président de la commission d'enquête, le président du tribunal administratif ou le magistrat qu'il désigne à cet effet ordonne le versement par le maître d'ouvrage d'une provision dont il définit le montant. L'enquête publique ne peut être ouverte qu'après le versement de cette provision.

Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles, aux fins de garantir l'indépendance des commissaires enquêteurs et des membres des commissions d'enquête, sont fixées les règles d'indemnisation de ceux-ci et les modalités de versement par les maîtres d'ouvrage des sommes correspondantes aux intéressés.