L'indemnité compensatoire est allouée annuellement. Elle est calculée comme le produit de la superficie déclarée en culture intermédiaire piège à nitrates par le demandeur et d'un montant forfaitaire fixé par arrêté des ministres chargés de l'agriculture, de l'environnement et du budget.
L'aide est plafonnée par demandeur à 30 % de la surface agricole utile totale de son exploitation.