La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion assurée selon les règles du droit privé, sauf si les parties contractantes ont fait le choix de la gestion publique dans leur convention constitutive ou si le groupement d'intérêt public n'est constitué que de personnes morales de droit public français.

Dans le cas où les règles de droit privé ne sont pas retenues, les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable sont applicables. L'agent comptable du groupement est alors nommé par arrêté du ministre chargé du budget.