Le conseil interacadémique d'Ile-de-France est présidé, selon que les questions soumises aux délibérations du conseil sont de la compétence de l'Etat ou de la région d'Ile-de-France, par le préfet de la région d'Ile-de-France ou le président du conseil régional.

En cas d'empêchement du préfet de région, le conseil est présidé par le recteur de l'académie de Paris, ou lorsque les questions soumises à délibération concernent exclusivement soit l'académie de Versailles, soit l'académie de Créteil, par le recteur de l'académie concernée. Lorsque les questions examinées concernent exclusivement l'enseignement agricole, le conseil est présidé, en cas d'empêchement du préfet de région, par le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt d'Ile-de-France.

En cas d'empêchement du président du conseil régional, le conseil est présidé par le conseiller régional délégué à cet effet par celui-ci.

Les suppléants des présidents ont la qualité de vice-président.

Les présidents et les vice-présidents sont membres de droit du conseil. Ils ne participent pas aux votes.