En liaison avec le président, le rapporteur instruit l'affaire par tous les moyens qu'il juge propres à l'éclairer et établit un rapport écrit comprenant l'exposé des faits et moyens des parties. Le rapport et les pièces des dossiers sont déposés par le rapporteur au secrétariat du Conseil supérieur de l'éducation pour être tenus à la disposition des parties, de leur conseil et des membres du conseil statuant en matière contentieuse et disciplinaire, cinq jours francs avant le jour fixé pour la délibération.
Au jour fixé pour la délibération, le rapporteur donne lecture de son rapport. La partie et, si elle en fait la demande, son conseil sont ensuite entendus dans leurs observations.
Si le président estime nécessaire d'entendre certains témoins à l'audience, cette audition a lieu contradictoirement en présence de la partie, et, éventuellement, de son conseil.
Après que la partie et son conseil se sont retirés, le président met l'affaire en délibéré et le conseil statue.
La présence de la majorité des membres en exercice est nécessaire à la validité des délibérations.