Le secrétaire général du haut conseil et le secrétaire général adjoint sont nommés par le garde des sceaux, ministre de la justice.
Le secrétaire général est chargé, sous l'autorité du président, de la gestion administrative du haut conseil, de la préparation et du suivi de ses travaux ainsi que de toute question qui pourrait lui être confiée. Il assure la direction des contrôleurs.A cette fin, il est assisté d'un directeur placé sous son autorité et recruté par le haut conseil après avis conforme de son collège.
Il est chargé de l'examen des documents retraçant les opérations de contrôle auxquelles la Compagnie nationale des commissaires aux comptes et les compagnies régionales ont procédé en application du b de l'article L. 821-7 et, lorsqu'elles ont été effectuées à la demande du haut conseil, du c du même article. Il peut participer à la mise en œuvre de ces contrôles et émettre des recommandations.
Il est en outre chargé de l'examen de toute question portant sur des cas individuels dont le haut conseil serait saisi.
Lorsque l'examen des documents ou des cas individuels mentionnés aux alinéas précédents fait apparaître une question de principe justifiant un avis du haut conseil, ou lorsque sa participation aux opérations de contrôle mentionnées au troisième alinéa fait apparaître une question de cette nature, le secrétaire général saisit le haut conseil après avoir instruit le dossier qu'il présente sous une forme anonyme.
Chaque année, le secrétaire général présente au Haut Conseil un rapport sur les contrôles auxquels il a été procédé en application du b de l'article L. 821-7. Il rend compte de ces contrôles en garantissant l'anonymat des situations évoquées.
Il peut saisir à toutes fins le procureur général compétent. Il peut saisir la Compagnie nationale des commissaires aux comptes de toute demande d'information complémentaire.
Hors le cas de la représentation en justice, qui appartient au président du haut conseil, il représente le haut conseil dans tous les actes de la vie civile.
Dans l'exercice de ses missions, le secrétaire général est assisté d'un secrétaire général adjoint, nommé par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et de services placés sous sa direction. Il peut faire appel à tout sachant ou expert.
Le secrétaire général a autorité sur le personnel. Pour l'application du code du travail, il exerce les compétences du chef d'entreprise.
Il peut déléguer sa signature au secrétaire général adjoint en toute matière. Il peut également déléguer sa signature à tout autre agent des services du haut conseil, dans des matières et des limites qu'il détermine.
Les emplois civils permanents du haut conseil sont occupés par :
-des magistrats, des fonctionnaires, détachés ou mis à disposition contre remboursement, dans les conditions prévues par leurs statuts respectifs ;
-des militaires affectés, en position d'activité dans les conditions prévues au 2° de l'article L. 4138-2 du code de la défense ;
-des agents non titulaires de droit public recrutés par contrat soumis aux dispositions de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat et à celles du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents non titulaires de l'Etat pris pour l'application de l'article 7 de la même loi, à l'exception de ses articles 1er, 1-2, 4 à 8, 28, 28-1 et 29.
Les magistrats et les fonctionnaires sont détachés ou mis à disposition pour une durée de trois ans renouvelable. Les militaires sont affectés pour cette même durée renouvelable dans les mêmes conditions.
Le règlement des services précise les conditions d'emploi des personnels du haut conseil.
Le haut conseil peut mettre à disposition des agents contractuels de droit public et des salariés de droit privé auprès d'un autre employeur public, d'un organisme communautaire ou international, ou se voir mettre à disposition du personnel par un autre employeur public. Ces mises à disposition font l'objet d'une convention conclue entre le haut conseil et l'autre employeur.
Des rapporteurs et des secrétaires sont nommés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, auprès du Haut Conseil lorsque celui-ci connaît des décisions des commissions régionales d'inscription ou siège en appel des décisions des chambres régionales de discipline.
Les fonctions de commissaire du Gouvernement sont assurées par le directeur des affaires civiles et du sceau ou son représentant.
Tout membre du Haut Conseil du commissariat aux comptes informe le président :
1° Des fonctions économiques ou financières qu'il a exercées au cours des deux années précédant sa nomination, qu'il exerce ou qu'il s'apprête à exercer ;
2° De tout mandat de direction, d'administration, de surveillance ou de contrôle qu'il a détenu au sein d'une personne morale au cours des deux années précédant sa nomination, qu'il détient ou qu'il s'apprête à détenir.
Aucun membre ne peut délibérer dans une affaire en lien avec les fonctions ou mandats mentionnés aux 1° et 2°.
Les fonctions de membres sont incompatibles avec toute fonction au sein de la Compagnie nationale des commissaires aux comptes ou d'une compagnie régionale.
En cas de manquement grave manifestement incompatible avec l'exercice de ses fonctions commis par un membre du Haut Conseil, l'intéressé, après avoir été invité à présenter ses observations, est mis en demeure de régulariser sa situation, faute de quoi il est déclaré démissionnaire d'office par le Haut Conseil statuant, à bulletin secret, à la majorité des membres le composant.
Le Haut Conseil du commissariat aux comptes adopte son règlement intérieur, qui fixe notamment les conditions de création et de fonctionnement des commissions consultatives spécialisées prévues à l'article L. 821-3. Ce règlement arrête en outre les modalités de règlement des conflits d'intérêt ponctuels qui peuvent affecter ses membres et précise les conditions dans lesquelles le Haut Conseil sollicite le concours de la Compagnie nationale des commissaires aux comptes.
Le règlement intérieur est homologué par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et publié au Journal officiel de la République française.