Le conseil de discipline est présidé par un représentant du gestionnaire ; le directeur départemental de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes (DDCCRF), le directeur départemental de l'agriculture et de la forêt et, le cas échéant, le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt , ou leurs représentants, y siègent de droit. Ledit conseil comprend deux représentants des opérateurs et usagers, désignés dans les conditions fixées par le règlement intérieur. Le conseil de discipline auditionne toute personne qu'il juge utile, et notamment un officier de police judiciaire ou son représentant.

Un comité technique consultatif est créé auprès du gestionnaire du marché, qui pourvoit à son secrétariat et fixe l'ordre du jour de ses séances. Il comprend vingt-cinq membres au maximum. Il est composé de représentants : 1° Des administrations publiques ; 2° Des producteurs ; 3° Des opérateurs ; 4° Des usagers. Les représentants de la première catégorie sont désignés par le préfet chargé de la police du marché. Ceux des trois dernières catégories sont nommés par le gestionnaire, sur la proposition des organisations professionnelles les plus représentatives. Le fonctionnement du comité technique consultatif est défini par le règlement intérieur des marchés d'intérêt national.