Les organismes certificateurs ont pour mission d'assurer la certification des produits bénéficiant d'un label rouge, d'une indication géographique, d'une spécialité traditionnelle garantie ou du signe "agriculture biologique" et, le cas échéant, celle des produits bénéficiant d'une appellation d'origine.

L'organisme certificateur élabore, pour chaque cahier des charges, le plan de contrôle prévu à l'article L. 642-2, qui comprend la liste des mesures sanctionnant les manquements aux clauses de ce cahier.

Le plan de contrôle est élaboré en concertation avec l'organisme de défense et de gestion intéressé, sauf lorsqu'il concerne un produit sollicitant le bénéfice de la mention agriculture biologique.

L'organisme certificateur décide l'octroi, le maintien et l'extension de la certification. Il prend les mesures sanctionnant les manquements au cahier des charges et peut, après avoir permis aux opérateurs de produire des observations, prononcer la suspension ou le retrait de la certification.