Les sociétés coopératives agricoles et leurs unions sont soumises au contrôle du Haut Conseil de la coopération agricole qui peut, à cet effet et après avoir recueilli les observations de la coopérative ou de l'union intéressée, diligenter une mission de révision. Lorsque ce contrôle donne lieu à des observations, celles-ci sont communiquées au président de la coopérative ou de l'union qui dispose d'un délai de deux mois pour répondre. Le Haut Conseil peut demander au conseil d'administration ou au directoire de la coopérative ou de l'union de faire présenter par le réviseur les observations définitives de la mission de révision, accompagnées de la réponse de la coopérative ou de l'union, à l'assemblée générale.
Ces sociétés sont également tenues, à toute réquisition des inspecteurs des finances et des agents de l'administration des finances ayant au moins le grade d'inspecteur ou de contrôleur, de produire leur comptabilité et les justifications nécessaires tendant à prouver qu'elles fonctionnent conformément aux dispositions qui les régissent.
Lorsque le contrôle institué à l'article précédent fait apparaître soit la défaillance des administrateurs des membres du directoire ou du conseil de surveillance, soit la violation des dispositions législatives, réglementaires ou statutaires, soit la méconnaissance des intérêts de la société, une assemblée générale extraordinaire est convoquée à la demande du haut conseil.
Lorsque le fonctionnement normal de la société coopérative ou de l'union n'a pas été rétabli dans un délai de six mois à compter de la réunion de l'assemblée générale extraordinaire, renouvelable une fois, le haut conseil qui peut prononcer le retrait de son agrément.
La décision de retrait d'agrément est prise par le haut conseil, sur proposition de sa section juridique et au vu d'un rapport de révision datant de moins d'un an.
Si la décision de retrait n'intervient pas dans un délai de deux mois à l'expiration du délai de six mois ou d'un an mentionné ci-dessus, la procédure est caduque.
En vue de permettre le contrôle prévu à l'article R. 525-6, les sociétés coopératives agricoles et les unions de coopératives agricoles doivent, chaque année et dans le délai de trois mois à compter de la date de la réunion de l'assemblée générale qui a approuvé les comptes de l'exercice écoulé, faire parvenir au Haut Conseil de la coopération agricole les pièces suivantes :
a) La copie intégrale du procès-verbal de l'assemblée générale ;
b) La copie des documents mis à la disposition des associés coopérateurs avant l'assemblée générale : comptes annuels, rapports aux associés, comptes consolidés et, le cas échéant, comptes combinés et rapport sur la gestion du groupe, rapports des commissaires aux comptes sur les comptes annuels et les comptes consolidés ;
c) Un extrait de l'immatriculation au registre du commerce et des sociétés à jour des décisions de l'assemblée générale ;
d) Le nombre des associés coopérateurs.
Toutes ces pièces sont adressées par le président du conseil d'administration ou un ou plusieurs administrateurs habilités à cet effet par le conseil d'administration ou le président du conseil de surveillance ou un membre du directoire.
Chaque année la liste des sociétés coopératives et de leurs unions ayant fait l'objet d'un agrément ou d'un retrait d'agrément au cours de l'année précédente est publiée au Journal officiel de la République française.
Le Haut Conseil de la coopération agricole met en ligne sur son site dans les quinze jours qui suivent la réception de la demande et pendant toute la durée de l'instruction :
-le nom de la société coopérative concernée ou de l'union et le numéro unique d'identification de l'entreprise délivré conformément à l'article R. 123-235 du code de commerce ;
-la mention RCS suivie du nom de la ville où se trouve le greffe où elle est immatriculée ;
-le département du siège social ;
-la nature de l'opération (création, extension de zone et / ou d'objet, retrait d'agrément).
Le haut conseil met également en ligne, dans un délai de quinze jours, la décision prise sur cette demande.