Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de la caisse. Il rend compte de sa gestion à l'assemblée générale.
Les comités prévus aux articles L. 723-31 et L. 723-33 sont respectivement consultés pour avis sur les questions intéressant la protection sociale des exploitants agricoles ou celle des salariés agricoles. Ils peuvent proposer la recherche de toutes conventions qui leur paraissent opportunes entre la caisse de mutualité sociale agricole et d'autres organismes de sécurité sociale.
Toutefois, ne peuvent être prises qu'après avis conforme du comité de la protection sociale des salariés les délibérations du conseil d'administration de la caisse portant sur :
1° Les dépenses relatives à la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ;
2° Les dépenses relatives aux services de santé au travail et la nomination ou le licenciement des médecins du travail lorsque la caisse a constitué une section de santé au travail ;
3° La remise des pénalités et des majorations de retard des cotisations sociales des employeurs ;
4° La réunion de plusieurs cantons afin de former des circonscriptions groupant au moins cinquante électeurs du deuxième collège en application du deuxième alinéa de l'article L. 723-18 ;
5° La conclusion de conventions de gestion aux fins d'assurer, pour le compte de tiers, des services se rattachant à la protection sociale des salariés.
De même, ne peuvent être prises qu'après avis conforme du comité de la protection sociale des non-salariés les délibérations du conseil d'administration de la caisse portant sur :
a) Les dépenses relatives à la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ;
b) La remise des pénalités et des majorations de retard des cotisations sociales des non-salariés ;
c) La conclusion de conventions relatives à la gestion de la protection sociale des non-salariés ;
d) La réunion de plusieurs cantons afin de former des circonscriptions groupant au moins cinquante électeurs du premier collège ou groupant au moins dix électeurs du troisième collège en application de l'article L. 723-17.