Le président du conseil d'administration du centre est nommé pour trois ans par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture. Ses fonctions sont renouvelables.
Outre son président, le conseil d'administration comprend :
1. Huit membres de droit : deux représentants nommément désignés de chacun des ministres chargés de l'agriculture et de l'environnement, un représentant nommément désignés de chacun des ministres chargés du budget, de l'industrie, des industries agro-alimentaires et de la recherche ;
2. Douze personnalités qualifiées nommées pour trois ans, renouvelables une fois, par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture :
a) Pour trois d'entre elles en raison de leur compétence scientifique et technique dont le président du conseil scientifique et technique ;
b) Pour cinq d'entre elles parmi les représentants des secteurs de la production agricole, aquacole et forestière, des industries qui leur sont liées et de l'environnement ;
c) Deux personnalités représentant les organisations professionnelles et syndicales des domaines de compétence du centre ;
d) Deux membres de conseils élus des collectivités territoriales ;
3. Trois représentants des personnels du centre, élus pour une durée de trois ans, renouvelable une fois.
Les modalités d'élection sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture.
Le directeur général, le secrétaire général, le directeur scientifique, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative.
Le président peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Les administrateurs décédés, démissionnaires ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été nommés ou élus doivent être remplacés. Dans ce cas le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites.