L'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer assure la gestion administrative des fonctionnaires relevant des corps et statuts d'emplois propres de l'établissement et de l'Agence de services et de paiement au sens et selon des modalités définies par le décret n° 97-892 du 1er octobre 1997.

Les décisions d'affectation à l'Agence de services et de paiement ainsi que les décisions d'avancement et les mesures disciplinaires concernant les fonctionnaires mentionnés au premier alinéa affectés dans cet établissement sont prises sur proposition de son président-directeur général qui procède, en outre, à leur évaluation et à leur notation.