Le comité de gestion du fonds établit son règlement intérieur qui est soumis à l'approbation du ministre de l'agriculture.
Le comité se réunit au moins trois fois par an ; il est en outre convoqué par son président toutes les fois qu'il est nécessaire, soit d'office, soit à la demande de la moitié au moins de ses membres.
Le comité ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins des membres en exercice est présente à la séance. Dans le cas où le quorum n'est pas atteint, il est immédiatement procédé à une nouvelle convocation, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Le comité peut alors délibérer valablement quel que soit le nombre des membres présents.
Les décisions sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Le secrétariat du comité est assuré par le directeur des services de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture.