Les organismes inter-établissements sont soumis au régime financier et comptable applicable aux établissements du réseau, à l'exception de ceux de ces organismes dont l'activité est principalement de nature industrielle et commerciale qui sont régis par les dispositions des articles 190 à 225 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

Outre les cotisations des établissements participants et les rémunérations pour services rendus, ces organismes peuvent recevoir des subventions de l'Etat, des collectivités territoriales et toutes autres personnes morales.

Le président de l'organisme est l'ordonnateur des dépenses et des recettes.

L'agent comptable est nommé par le comité de direction, sur proposition du trésorier-payeur général du département du siège de l'établissement.

Il perçoit une indemnité fixée par le comité de direction dans les limites prévues à l'article D. 511-80 .

Les dispositions de l'article R. 511-83 sont applicables aux organismes inter-établissements.