Le cinquième jour suivant la date de clôture du scrutin, la commission d'organisation des opérations électorales procède aux opérations de recensement et de dépouillement des votes par correspondance en séance publique et en présence de scrutateurs désignés parmi les électeurs par le président de la commission. Chaque liste en présence a le droit de désigner, dans le collège où elle est candidate, un seul scrutateur pris parmi les électeurs de ce collège.
Le jour du dépouillement, le président de la commission des opérations électorales met en place autant d'urnes que de collèges.
La commission d'organisation des opérations électorales vérifie que le nombre de plis électoraux correspond à celui porté sur l'état récapitulatif établi par le secrétariat de la commission lors de la réception des votes. Si une différence est constatée, mention en est faite sur le procès-verbal, paraphé par chaque membre de la commission d'organisation des opérations électorales.
La commission d'organisation des opérations électorales procède à l'ouverture des enveloppes d'acheminement des votes. Le président, ou un membre désigné par lui, vérifie que le vote émis correspond au collège dont relève l'électeur et, dans le cas contraire, écarte le vote du dépouillement.
Le président, ou un membre de la commission désigné par lui, constate le vote de chaque électeur en apposant sa signature en face du nom de l'électeur sur la copie de la liste électorale qui constitue la liste d'émargement des opérations de vote, selon les modalités définies par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.
Un membre de la commission introduit ensuite chaque vote dans l'urne correspondante.
Les opérations manuelles de dépouillement visées au présent article peuvent faire l'objet, selon les modalités techniques fixées par arrêté du ministre de l'agriculture, pris après avis de la Commission nationale de l'informatique et des libertés, de traitements automatisés.