Les caisses de mutualité sociale agricole sont soumises, pour les opérations du régime et sans préjudice de tous autres contrôles régulièrement institués, au contrôle des ministres chargés de l'agriculture et de la sécurité sociale.

Ce contrôle s'exerce par l'intermédiaire des services mentionnés à l'article R. 724-3. Ces services peuvent contrôler l'ensemble des opérations du régime réalisées par les caisses départementales et pluridépartementales de mutualité sociale agricole.

Le contrôle de la Cour des comptes s'exerce dans les conditions prévues par le chapitre IV du titre III du livre Ier du code des juridictions financières.