Les organismes certificateurs doivent offrir des garanties d'impartialité et d'indépendance, justifier de leur compétence et de l'efficacité de leur contrôle. Ils sont agréés par l'autorité administrative, après avis de la Commission nationale de la certification environnementale, pour une durée de quatre ans. Il est fait mention de l'agrément au Journal officiel de la République française.

L'agrément peut être renouvelé, à la demande de l'organisme certificateur, par période de quatre ans.

Lorsque l'agrément est demandé par un organisme certificateur établi sur le territoire d'un autre Etat membre de l'Union européenne ou de l'Espace économique européen, celui-ci est exempté de la production des pièces qu'il a déjà fournies dans cet Etat pour l'exercice de la même activité.