Le commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public est désigné par le ministre chargé de l'agriculture.

Le commissaire du Gouvernement ou son représentant assiste, avec voix consultative, aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement. Il peut provoquer une nouvelle délibération des instances du groupement dans un délai de quinze jours.

Il a communication de tous les documents relatifs au groupement et dispose d'un droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition.

Il informe les administrations dont relèvent les personnes morales publiques participant au groupement.

Il adresse chaque année au ministre chargé de l'agriculture et au ministre du budget un rapport sur l'activité et la gestion du groupement.