Le comité de surveillance biologique du territoire est consulté notamment sur les protocoles et méthodologies d'observation nécessaires pour identifier et suivre l'apparition éventuelle d'effets sur les écosystèmes vivants de la culture des plantes génétiquement modifiées, de l'utilisation des produits phytopharmaceutiques, adjuvants et matières fertilisantes mentionnés respectivement aux articles L. 253-1 et L. 255-1 ainsi que pour mettre en évidence l'apparition ou dissémination des organismes nuisibles au sens de l'article L. 251-3.

Les résultats de la surveillance biologique du territoire et le rapport annuel mentionné au I de l'article L. 251-1 du code rural et de la pêche maritime lui sont transmis pour avis.

Au vu, notamment, des résultats de la surveillance, le comité formule des recommandations sur les orientations à donner à celle-ci, au regard tant de ses priorités que des protocoles et méthodologies d'observation. Il alerte les ministres chargés de l'agriculture et de l'environnement lorsqu'il considère que certains effets non intentionnels mis en évidence nécessitent des mesures de gestion particulières.

Les avis et recommandations du comité sont rendus publics.