Le conseil d'orientation technique de l'observatoire se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour. Il peut également se réunir à la demande de la majorité de ses membres.

Le comité de pilotage de l'Observatoire de l'alimentation se réunit au moins quatre fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour. Il peut également se réunir à la demande de la majorité de ses membres.

Les membres du conseil d'orientation technique de l'observatoire et du comité de pilotage, ainsi que le président, exercent leurs fonctions à titre gratuit. Les frais de déplacement, et le cas échéant, de séjour des membres de l'observatoire sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Les dispositions des articles 3 à 7 du décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 modifié relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions paritaires à caractère consultatif sont applicables au conseil d'orientation technique de l'observatoire de l'alimentation.