Des arrêtés du ministre de l'agriculture précisent les règles de fonctionnement et les règles sanitaires applicables dans les établissements et par les professionnels agréés conformément aux directives communautaires correspondantes. Ces règles de fonctionnement et règles sanitaires sont relatives notamment au statut sanitaire et aux contrôles sanitaires des animaux admis dans les établissements agréés et de leur matériel de reproduction ainsi qu'à l'enregistrement des données correspondantes, aux modalités de traitement et de conservation de ce matériel.

Les centres de collecte de sperme ou de stockage de semence ne peuvent recevoir, détenir et utiliser que de la semence qui provient d'un centre de collecte ou de stockage agréé en France ou dans un autre Etat membre de l'Union ou dans un Etat tiers figurant dans la liste établie par la Commission de l'Union et qui est conservée et transportée dans des conditions offrant toute garantie sanitaire.