L'Autorité des marchés financiers est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi de finances pour 1963 (n° 63-156 du 23 février 1963) et du décret n° 64-1022 du 29 septembre 1964 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés. Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'Autorité des marchés financiers, du recouvrement des droits et contributions mentionnés à l'article L. 621-5-3 et de toutes autres recettes de l'Autorité des marchés financiers, du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.

Avec l'accord du secrétaire général, l'agent comptable peut confier sous son contrôle la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services de l'Autorité des marchés financiers.

L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le secrétaire général.