Un secrétaire général est nommé par arrêté du ministre chargé de l'économie, sur proposition du président de l'Autorité de contrôle prudentiel.
Un premier secrétaire général adjoint, placé sous son autorité, est nommé par le président de l'Autorité, après avis conforme du vice-président et agrément par les ministres chargés de l'économie, de la sécurité sociale et de la mutualité. Le premier secrétaire général adjoint possède une expérience en matière d'assurance ou bancaire complémentaire de celle du secrétaire général.
Sur proposition du secrétaire général, le collège de l'Autorité arrête les principes d'organisation des services, fixe les règles de déontologie applicables au personnel et établit le cadre général de recrutement et d'emploi du personnel dans le respect des dispositions applicables aux agents statutaires et aux fonctionnaires.
Le secrétaire général organise et dirige les services de l'Autorité. Il peut recevoir délégation du président de l'Autorité pour nommer aux emplois des services de l'Autorité.
Le secrétaire général peut recevoir une délégation de compétences du collège, dans des conditions et limites fixées par décret en Conseil d'Etat.