Le conseil d'administration de l'organe central du crédit agricole comprend, en plus des membres nommés par l'assemblée générale dans les conditions définies aux articles L. 225-17 et L. 225-18 du code de commerce, un représentant des organisations professionnelles agricoles désigné dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat.

Le conseil d'administration élit un président qui doit avoir la qualité d'administrateur de caisse régionale de crédit agricole mutuel et désigne un directeur général qui assure la direction de la société.