La conférence est présidée par un délégué à la coopération régionale dans la zone de l'océan Indien nommé par décret. Elle est composée des membres des comités de gestion des fonds de coopération régionale de la Réunion et de Mayotte.
Le trésorier-payeur général de la Réunion ou son représentant assiste aux réunions de la conférence. Elle peut en outre entendre toute personne dont l'audition est jugée utile par le président.