L'établissement public est administré par un conseil d'administration de vingt-quatre membres comprenant :
1° Vingt membres des assemblées régionales de la région d'Ile-de-France, élus en leur sein, à raison de dix-sept par le conseil régional et de trois par le conseil économique, social et environnemental régional ;
2° Quatre personnes qualifiées dans le domaine de la protection de la nature et de l'environnement, désignées par le président du conseil régional.