L'établissement public est administré par un conseil d'administration composé de représentants élus au sein de chacune des collectivités territoriales et de chacun des établissements publics qui le constituent.

Le président est élu par le conseil d'administration en son sein.

Le représentant de l'Etat dans le département du siège de l'établissement public assiste de plein droit aux séances du conseil d'administration. Si une délibération paraît de nature à affecter la bonne organisation de la protection de la forêt méditerranéenne et de son environnement, le représentant de l'Etat peut demander une nouvelle délibération.